Фамилия Алимгузина — женская форма фамилии Алимгузин, и её происхождение напрямую связано с составным личным именем, бытовавшим у башкир и татар. Встречается она в основном в этих этнических группах, а географически тяготеет к южному Уралу и Зауралью: Башкортостану, Оренбургской и Челябинской областям.

Разобрать фамилию можно, отталкиваясь от двух компонентов, из которых сложили имя предка. Первая часть — «Алим» — восходит к арабскому имени Алим (عليم), означающему «знающий», «учёный», «всеведущий». В исламской традиции это один из эпитетов Аллаха, но как личное имя оно широко распространилось среди мусульманских народов. Вторая часть — «гуза» — скорее всего, представляет собой усечённую форму от тюркского слова «гузя» или «гузә» (красивый, прекрасный) в некоторых диалектах, либо от имени Гузаир (арабское Хузайфа). Таким образом, «Алимгуза» переводится как «красивый Алим» или «знающий красавец» — типичная для тюркских языков модель, где к популярному арабскому имени добавляют местное определение.

Фамилию образовали по русской модели: к основе Алимгуз- добавили патронимический суффикс -ин (в женском роде -ина). Это прямое указание на то, что предка звали Алимгуза. В башкирской и татарской традиции такие фамилии закреплялись в конце XIX — начале XX века, когда при переписях и введении метрических книг мусульманским именам придавали русскую грамматическую форму.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин в тюркских фамилиях встречается реже и чаще прикрепляется к основам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный — как в случае с Алимгуза. Родственные фамилии — Алимгулов, Алимбаев, Алимов — показывают, что корень «Алим» был одним из самых продуктивных в регионе. При этом Алимгузина выделяется именно двухкомпонентной структурой, что делает её не просто отчеством, а прямым указанием на составное личное имя предка. В дореволюционных записях можно встретить вариант Алимгузин с двойным ударением — на первый и последний слоги, что отражает тюркскую интонацию.