Фамилия Алимусина — женская форма, мужской вариант — Алимусин. Строится по самой распространённой русской модели: к основе добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Алимусин). Такие фамилии обычно возникали из прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. В данном случае основа — Алимуса.

Что стоит за этим именем? Это составное тюркское имя. Первая часть — Али — арабского происхождения, означает «возвышенный», «великий». Вторая часть — Муса — арабская форма библейского имени Моисей. Таким образом, Алимуса — двухосновное имя, характерное для тюрко-мусульманской традиции: его могли дать ребёнку, соединив имена двух почитаемых фигур — сподвижника пророка Мухаммеда (Али) и пророка Мусы. Встречается оно у татар, башкир, а также у народов Кавказа.

Фамилия Алимусин (и Алимусина) — относительно редкая. Её география в основном связана с регионами Поволжья и Приуралья, где исторически живут татары и башкиры. Встречается она в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской, Челябинской областях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были крещёными татарами или башкирами, либо же фамилия была оформлена по русской модели в более поздний период, когда учета населения требовал фиксации «по отцу».

Словообразовательный нюанс: суффикс -ин в фамилиях на тюркской основе встречается реже, чем -ов/-ев. Фамилии типа Алимусин, Ахметшин, Мухаметшин — как раз характерный признак того, что исходное имя оканчивалось на согласный или -а, что и потребовало суффикса -ин. Если бы основа звучала как Алимус, фамилия была бы Алимусов — но в русском языке имена на -а дают именно -ин.

О сословной принадлежности предков Алимусиных сказать определённо трудно. Среди татар и башкир фамилии на -ин встречались и у крестьян, и у служилых людей, и у духовенства. Но сам факт, что фамилия не получила дворянского суффикса -ский и не закрепилась за известными родами, говорит о том, что её носители, скорее всего, были из крестьянской или мещанской среды. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что, впрочем, не умаляет её ценности как семейного знака.