Фамилия Алишаева образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ев от мужского имени или прозвища Алишай. Это составное имя тюркского происхождения, где первая часть «Али» восходит к арабскому имени Али («высокий», «возвышенный»), а вторая — «шай» (от персидского «шах» — «царь», «господин»). Таким образом, Алишай буквально означает «царь Али» или «Али-правитель». Имя было распространено у народов, исповедующих ислам, особенно среди татар, башкир, народов Кавказа.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Алишаев — это «сын Алишая» или «из рода Алишая». Поскольку фамилия заканчивается на -ев, а не на -ин, она образована от основы на мягкий согласный (звук «й»). Такая модель типична для русских фамилий, возникших в среде тюркских народов, которые входили в состав Российской империи.

Встречается фамилия в разных регионах, но чаще всего — в Татарстане, Башкортостане, Чечне, Дагестане. Встречаются варианты написания с одной «ш» (Алишаев) или с ударением на второй слог, но нормативным считается вариант с ударением на «а» во втором слоге (АлишАев).

Мужской вариант фамилии — Алишаев. Женский — Алишаева, что указывает на принадлежность к роду по отцу или мужу. Склоняется по правилам русского языка: Алишаева, Алишаевой, Алишаеву и так далее.

Однокоренные фамилии — Алиев, Алишанов, Шайхалиев. Все они восходят к тем же арабским и тюркским корням, но различаются суффиксами и порядком частей имени.