Фамилия Алкеева образована от казахского мужского имени Алкей (встречается и вариант Алке). Имя восходит к слову «өлке», что в переводе с казахского означает «край», «область», «территория». Таким образом, имя могло иметь значение «родной край» или символизировать принадлежность к определенной земле.

По своей словообразовательной модели фамилия относится к распространенному типу русских фамилий на -ев, которые образовывались от имен или прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный или -й. В данном случае к основе «Алке» добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын или потомок Алкея). Такая модель типична не только для славянских, но и для многих тюркских фамилий, которые оформлялись по русскому образцу после вхождения регионов в состав Российской империи.

Формирование фамилий — длительный процесс, и у семьи Алкеевых он, скорее всего, завершился в XIX — начале XX века, когда фиксация фамилий стала массовой. Окончательно определить точное место и время возникновения конкретной ветви рода можно только по итогам генеалогического исследования: изучая метрические книги, ревизские сказки и переписи населения в тех регионах, где имя Алкей было распространено (прежде всего в северном и центральном Казахстане, а также среди казахов Оренбургской и Астраханской губерний).

Фамилия достаточно редкая, что делает её особенно ценной для носителей: она не «стерлась» от массового употребления и сохранила прямую связь с исходным именем-прозвищем. Встречаются также варианты написания Алкеев (с одной буквой «е» в корне) и Алкеева — последний указывает на женскую линию или принадлежность к роду.