Фамилия Алхаматова — женская форма фамилии Алхаматов. Её основа — личное имя Алхамат, которое представляет собой вариант арабского имени Ахмад (один из эпитетов пророка Мухаммеда, означающий «достохвальный»). Переход «Ахмад» → «Алхамат» характерен для тюркской и кавказской языковой среды: звук «х» в начале слова мог озвончаться или заменяться сходным, а гласные менялись под влиянием местных диалектов. Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище, а мужское личное имя, популярное у мусульманских народов.

Суффикс -ов(-а) указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от имён или прозвищ (чьим сыном был? — Алхаматов). Фамилия закрепилась у народов, которые в XIX–XX веках массово получали русские фамилии по отцу: у чеченцев, ингушей, кумыков, аварцев. Среди носителей фамилии Алхаматова много представителей Северного Кавказа и Закавказья. Географически фамилия чаще всего встречается в Чечне, Дагестане, а также в среде чеченской диаспоры.

Интересная деталь: фамилия могла возникнуть и как русифицированная форма чеченской фамилии Алхаматовы (в чеченском языке фамилии часто образуются с помощью суффикса -ой, но при записи в российских документах их «подгоняли» под стандартный -ов). Поэтому носители фамилии Алхаматова могут принадлежать к одному из чеченских тейпов, где имя Алхамат было родовым.

Другие версии происхождения маловероятны. Например, попытка связать фамилию с тюркским «ал» (красный, алый) и «хамат» (как вариант «хозяин») не выдерживает критики: имя Алхамат — устойчивая антропонимическая форма, а не описательное прозвище. Фамилия не имеет отношения к славянским корням или к географическим названиям.