Фамилия Аллагуров — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не русское, а тюркское имя, и при этом фамилия оформлена по русской модели. В ней два ключевых элемента: корень «Аллагу́р» и русский патронимический суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?» — сын Аллагура).

Самая вероятная версия происхождения основы — от тюркского мужского имени Аллагу́р. Оно составное: первая часть «Алла» (от арабского «Аллах»), вторая — «гур», что в тюркских языках может означать «могила», «кладбище» или, в переносном смысле, «место упокоения», «святой». Имя Аллагу́р в целом можно интерпретировать как «раб Божий, идущий к покою» или «святой воин Аллаха». Подобные имена с религиозным оттенком были распространены у татар, башкир и других тюрко-мусульманских народов Поволжья и Приуралья.

Есть и более прозаичная версия, хотя и менее убедительная. В некоторых тюркских диалектах «аллагур» могло быть прозвищем, данным человеку с заметной внешностью или характером: например, «пестрый», «рябой» (от слова «ала» — пестрый). Однако в этом случае логичнее было бы ожидать фамилию Алагуров или Алагуров, без удвоенной «л», которая как раз указывает на связь с именем Алла́х.

Фамилия Аллагуров — редкая. Её носители в России встречаются в основном в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди потомков татарских переселенцев в Сибири. Сословно предки, скорее всего, были государственными крестьянами или служилыми татарами, которые после крещения или в ходе русификации получали фамилии по имени отца.

Интересно, что в дореволюционных метрических книгах можно встретить варианты написания «Аллагуровъ» и даже «Оллагуров», что связано с особенностями произношения в разных говорах. Сейчас фамилия закрепилась в форме с двумя «л» и буквой «а» в начале.