Фамилия Альникина — женская форма мужской фамилии Альникин. Её основа, имя или прозвище Альникин, встречается редко, что и делает фамилию интересной для разбора. Словообразовательная модель здесь классическая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Альникин — «сын Альники». А вот само имя Альника — загадка.

Скорее всего, Альника — это народная, разговорная форма крестильного имени Александр. В русских говорах имя Александр нередко сокращали до Саня, Саша, Шура, но в некоторых регионах, особенно под влиянием местных диалектов, могли возникать и более необычные варианты. Например, от Александр через цепочку Алекса́ндра → Алекса́ня → Але́ня → А́ля → А́лька. Или же это производное от имени Альберт, которое хоть и пришло в русский обиход позже, но тоже могло дать форму Алька. В таком случае Альникин означало бы «потомок Альки» (сын или дочь человека, которого в быту звали Алькой).

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «альник» — так в некоторых областях называли ольховник или заросли ольхи. Тогда прозвище Альник мог получить человек, живший у ольховой рощи или занимавшийся заготовкой ольховой древесины. Однако эта версия слабее: суффикс -ин в фамилиях обычно крепится к личным именам, а не к названиям мест или растений. Если бы основа была топонимической, фамилия скорее звучала бы как Альников (по аналогии с Ольховников).

Фамилия Альникина — редкая. Её носители встречаются в основном в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает версию о происхождении от разговорной формы имени: именно в этих регионах любили сокращать и переделывать календарные имена на свой лад. Таким образом, предки современных Альникиных с большой долей вероятности носили имя Александр или Альберт, которое в быту превратилось в ласковое Альника.