Фамилия Альниковы образована от прозвища Альник. В основе этого прозвища лежит нарицательное «альник» — так в старину называли род женского головного убора. Скорее всего, основатель рода занимался пошивом или продажей таких уборов. В русском языке слово «альник» имеет и другое значение — «низина, поросшая ольхой», но для прозвища более вероятна связь с ремеслом, чем с ландшафтом: прозвища по головным уборам (Шапкин, Колпаков) встречаются часто, а по ольховым зарослям — редко.

Фамилия оформлена по стандартной патронимической модели: к основе на -ик прибавился суффикс -ов, образующий фамилии от прозвищ с конечным согласным. Так появилась форма Альников — «сын Альника». Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, где ольха распространена, но и женские головные уборы шили повсеместно.

Исследователь русских фамилий Б. Унбегаун в своём словаре отмечает, что фамилии от названий одежды и её деталей — один из продуктивных разрядов, и Альников вписывается в этот ряд, хотя и не является массовой фамилией. Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно: процесс формирования фамилий у крестьян и ремесленников затянулся до XIX века, и Альниковы могли появиться в разных губерниях независимо друг от друга.