Фамилия Алнникова — женская форма от Алнников, и чтобы разобраться в её происхождении, нужно начать с мужского варианта. Основа «Алн-» с первого взгляда кажется необычной и редкой для русских фамилий: в ней нет привычного «Алёхин» от Алексей или «Алпатов» от имени Алпат. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое в современном языке почти исчезло.

Самый вероятный путь — основа от имени Алн (или Алня), народной, разговорной формы канонического имени Александр или, реже, Алексей. В русских говорах длинные имена усекали: Александр превращался в Алексу, Сашу, а затем и в Саню; от Алексей шли Алёха, Лёша. Форма Алн могла возникнуть в тех же процессах упрощения, особенно в северных и сибирских говорах, где конечные «с» и «к» отсекались. Суффикс «-ник» в фамилии Алнников указывает на принадлежность: «сын Ална» или «человек, относящийся к Алну». Модель на «-ник» встречается реже, чем на «-ов» или «-ин», и нередко указывает на прозвище по занятию или характерному признаку, но в данном случае вторичное значение уступило имени. Здесь сработала цепочка: имя Алн → прозвище Алнник («тот, кто связан с Алном») → фамилия Алнников. Подобный переход от личного имени через прозвищный суффикс — редкий для русского ономастикона: обычно притяжательные фамилии образуют напрямую через -ов/-ев или -ин (ср. Ванин, но не Ванинков).

Менее распространённая версия связывает фамилию с устаревшим словом «алный» (голодный, жадный, от «алкать»). В этом случае прозвище Алнник мог получить человек с постоянным чувством голода или тот, кто «алкал» чего-то — знаний, богатства. Однако в русских говорах чаще фиксировалась форма «алчник» или «алкач», а фамилии от этого корня обычно выглядят как Алчников. Версия с именем выглядит надёжнее, хотя и она не объясняет, почему суффикс -ник присоединили к основе, а не сразу образовали фамилию по стандартной модели. Возможно, в основе лежало не имя целиком, а прозвище Алнник, которое затем осмыслили как «сын Ална».

Географически фамилия Алнников встречается крайне редко. В исторических документах и современных базах она почти не фиксируется за пределами отдельных регионов, что говорит о локальном происхождении. Возможно, предки носителей фамилии жили в одной местности, где имя Алн или прозвище Алнник было в ходу, а затем фамилия закрепилась в узком круге семей. В любом случае, Алнникова — редкий пример того, как народная переработка имени или прозвища оставила след, который сегодня кажется загадочным.