Фамилия Альникова — женская форма фамилии Альников. Её основа — прозвище Альник, которое, скорее всего, восходит к нарицательному «альник». Так в старину называли особый род женского головного убора. Отсюда и главная версия происхождения: предок носителя фамилии мог заниматься пошивом или продажей таких уборов. Это ремесло было востребованным, а прозвище по профессии — одним из самых распространённых способов образовать фамилию на Руси.

Модель образования здесь типичная: суффикс -ов- присоединился к основе Альник, а окончание -а указывает на женский род. Фамилия Альникова, таким образом, буквально означает «дочь или жена Альника». В мужском варианте — Альников — суффикс указывает на принадлежность: «сын Альника» или «человек из рода Альника».

Интересно, что слово «альник» не было повсеместным. В разных говорах его могли произносить и писать по-разному, что породило однокоренные фамилии: Альников, Альниченко, Альникин. Встречается и другой вариант — с ударением на второй слог: Альнико́в, хотя чаще в фамилиях такого типа ударение падает на корень. Это различие — ещё один след диалектной или региональной истории.

Географически фамилия Альникова встречается нечасто. Основные очаги её бытования — центральные и северо-западные области России, где женские головные уборы имели сложную форму и названия, сохранившиеся в местной лексике. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна эта фамилия не упоминается, что говорит о её сравнительной редкости и локальном характере.