Фамилия Алтуханова — женская форма фамилии Алтуханов. Её основа, скорее всего, тюркского происхождения. В ней слились два компонента: «алтун» (золото) и «хан» (правитель, владыка). Имя Алтухан в таком случае означает «золотой хан» или «хан, подобный золоту». Составные имена с элементом «хан» были широко распространены у тюркских народов, особенно в период Золотой Орды и после неё. Важно понимать: такое имя не обязательно указывало на реальную принадлежность к ханскому роду. Чаще это был пожелательный или почётный компонент — прозвище, данное за богатство, заслуги или как знак уважения.

Модель образования фамилии стандартная для русского языка. К основе мужского имени Алтухан добавился русский патронимический суффикс -ов, отвечающий на вопрос «чей?» — сын Алтухана. Женская форма Алтуханова образована по тому же правилу, что и большинство русских фамилий: окончание -а указывает на лицо женского пола. Такая адаптация нерусских имён через русский суффикс — типичная бюрократическая практика Российской империи при записи инородцев.

Регионально фамилия Алтуханов чаще всего встречается на Северном Кавказе, в частности у чеченцев и ингушей. Там тюркские имена прижились в результате исторических контактов, особенно в период Кавказской войны и после неё. Встречается она и у других народов региона, включая кумыков и ногайцев. В русских документах фамилия могла закрепиться за представителями горских народов, принявших православие или просто записанных по русской бюрократической традиции — без перевода на русский язык, а с механическим добавлением суффикса.

Интересная деталь: в некоторых говорах и диалектах фамилия могла писаться и произноситься как Алтуханов, но с ударением на второй слог (Алту́ханов). Это отличает её от более распространённого варианта с ударением на последний слог (Алтуха́нов). Такая разница в ударении говорит о том, что фамилия бытовала в устной традиции ещё до того, как была зафиксирована на письме. Для этимолога это ценный след: значит, имя Алтухан не было книжным или привозным, а реально использовалось в живой речи.