Фамилия Алтынников происходит от прозвища Алтынник. В основе лежит слово «алтын» — старинная русская монета достоинством в три копейки. Словарь Даля фиксирует два основных значения слова «алтынник»: «мелкий торгаш» и, в переносном смысле, «скупой, корыстный человек». Оба значения могли стать источником прозвища. Первый вариант говорит о роде занятий предка: он мог быть мелким торговцем, который считал каждую монету. Второй вариант — о черте характера: так могли прозвать прижимистого и мелочного человека.

Суффикс -ник в основе прозвища типичен для обозначения человека по его занятию или свойству (сравните: охотник, плотник, злобник). Фамилия образовалась по стандартной патронимической модели: прозвище Алтынник плюс русский притяжательный суффикс -ов, дающий значение «сын Алтынника». Со временем написание закрепилось как Алтынников.

Любопытно, что фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, где ходила московская «алтынная» монета. В говорах слово «алтын» также могло означать «мера счета» или «три рубля», но в основе прозвища, скорее всего, лежит именно денежная единица, а не абстрактное число. Среди однокоренных фамилий — Алтынцев, Алтынов, Алтынбаев, но Алтынников выделяется именно указанием на конкретного человека-«алтынника», а не на владение или отношение к монете.