Фамилия Алябухов — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием -ов стоит не славянская, а тюркская основа. Её ядро — слово «алябуха» (или «алябух»), которое в ряде тюркских языков означает «пёстрый», «рябой» или относится к масти лошади. Прозвище Алябух на Руси могли дать человеку со следами оспы на лице («рябой») или тому, кто выделялся необычной, пёстрой внешностью. Вторая, менее распространённая версия, связывает прозвище с диалектным глаголом «алябушить» — говорить невнятно, бормотать, то есть прозвище могло закрепиться за неразборчивым в речи человеком.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Алябухов — буквально «сын Алябуха». Фамилия образована не от крестильного имени, а от мирского прозвища, что было обычной практикой в среде крестьян и посадских людей в XV–XVII веках. Церковные имена редко давали привязку к внешности или манере поведения, а прозвища, напротив, цепко держались за человека и переходили к детям.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским регионам, где исторически был силён тюркский субстрат: Рязанская, Тамбовская, Пензенская области, а также Башкортостан и Татарстан. Исконно русские носители фамилии, скорее всего, происходят из тех мест, где русские крестьяне и служилые люди веками контактировали с тюркским населением, заимствуя не только слова, но и прозвища.

В дореволюционных переписях фамилия встречается нечасто, что говорит о её преимущественно крестьянском или однодворческом происхождении — дворянские роды с таким окончанием обычно имели более документированную историю. Ударение в фамилии плавающее: в центральных областях чаще говорят Аля́бухов, на юге — Алябухо́в, что связано с местными диалектными нормами.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Алябьев, Алябьевский — показывает, что основа «аляб» в русской ономастике нередка, но именно форма «алябуха» с суффиксом -ух- встречается реже. Это делает фамилию Алябухов более локальной и менее распространённой, чем, скажем, Алябьев, который известен по фамилии композитора Александра Алябьева.