Фамилия Алымканова — редкий случай, когда женская форма оказывается информативнее мужской. Казалось бы, мужской вариант Алымканов сложен по стандартной патронимической модели «основа + -ов» и легко сходит за фамилию от имени Алымкан. Но женская форма выдаёт суффикс -к- в основе. Это не ошибка и не описка: Алымканова происходит не от Алымкана, а от прозвища или имени Алымка. В тюркских языках суффикс -к- часто образовывал ласкательные или уменьшительные формы, так что Алымка — это «маленький Алым» или «Алымушка».

Основа «Алым» восходит к тюркскому корню со значением «берущий», «взимающий», «получающий». В древнетюркском и казахском языках «алым» — это дань, налог, подать. Соответственно, прозвище Алым мог получить сборщик податей, человек, взыскивающий долги, или просто тот, кто обладал властью и мог «брать» своё. Встречается и версия, что Алым — это сокращённая форма арабского имени Алим («знающий», «учёный»), но для фамилии Алымканова тюркская семантика «налога» выглядит убедительнее — такие прозвища были распространены среди служилых людей и казачества.

Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и северо-западному Казахстану. В метрических книгах XIX века Алымкановы встречаются среди оренбургских казаков и башкирских тептярей. Социальный статус носителей был разным: от рядовых общинников до зажиточных крестьян, но фамилия никогда не была дворянской или княжеской.

Словообразовательная модель «имя на -ка + -нов» встречается нечасто. Обычно фамилии на -инов (-ынов) образуются от имён на -я, -а (например, Ильин — от Илья), а здесь -к- остаётся частью основы. Это значит, что фамилия сложилась в среде, где уменьшительные формы на -ка воспринимались как полноценные личные имена. В современном русском языке ударение падает на второй слог — Алы́мканова, что тоже указывает на тюркское происхождение основы: в слове «алым» ударение на первом слоге, но в фамилии оно сместилось по законам русского языка.