Фамилия Алымканова — редкий пример, в котором женская форма сохранила больше информации о происхождении, чем мужская. Дело в том, что мужской вариант — Алымканов — образован по стандартной модели «основа + -ов», и его легко принять за обычную патронимическую фамилию от имени Алымкан. Но если присмотреться к женской форме, бросается в глаза суффикс -к- в основе. Это не случайность: Алымканова, скорее всего, происходит от прозвища или имени Алымка, а не от Алымкана. Суффикс -к- в тюркских именах часто указывал на ласкательную или уменьшительную форму, то есть Алымка — это «маленький Алым» или «Алымушка».

Сама основа «Алым» восходит к тюркскому корню со значением «берущий», «взимающий», «получающий». В древнетюркском и казахском языках «алым» — это дань, налог, подать. Соответственно, прозвище Алым мог получить сборщик податей, человек, взыскивающий долги, или просто тот, кто обладал властью и мог «брать» своё. Встречается и версия, что Алым — это сокращённая форма арабского имени Алим («знающий», «учёный»), но для фамилии Алымканова тюркская семантика «налога» кажется более правдоподобной, учитывая распространённость таких прозвищ в среде служилых людей и казачества.

Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и северо-западному Казахстану — регионам, где веками жили тюркские народы и где русская административная система активно взаимодействовала с местным населением. В метрических книгах XIX века встречаются записи об Алымкановых среди оренбургских казаков и башкирских тептярей. Социальный статус носителей был разным: от рядовых общинников до зажиточных крестьян, но фамилия никогда не была дворянской или княжеской.

Словообразовательная модель «имя на -ка + -нов» встречается нечасто. Обычно фамилии на -инов (-ынов) образуются от имён на -я, -а (например, Ильин — от Илья), а здесь мы видим Алымканов, где -к- остаётся частью основы. Это говорит о том, что фамилия сложилась в среде, где уменьшительные формы на -ка воспринимались как полноценные личные имена. В современном русском языке фамилия Алымканова сохраняет ударение на втором слоге — Алы́мканова, что тоже указывает на тюркское происхождение основы, где ударение падает на первый слог слова «алым».