Фамилия Алышников — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с характером или внешностью, а с ремеслом, но неочевидным. Разберём её по косточкам.

В центре фамилии — корень «Алышн-». Это не имя и не географическое название. Скорее всего, перед нами вариант слова «алыч» (мелкая слива, тёрн) или диалектного «алыша» — так в южнорусских и украинских говорах называли дикую сливу, а также кисель или пастилу из неё. Суффикс «-ник» в основе указывает на человека, который имел дело с этим продуктом: «алышник» — тот, кто собирал алычу, варил из неё лакомства или торговал ею. В русских фамилиях такая модель типична для ремесленников и торговцев: ср. Пирожников, Калашников, Блинников.

Суффикс «-ов» — стандартный патронимический (притяжательный) формант, который закрепил прозвище за потомками: «сын Алышника». Таким образом, Алышников — буквально «внук или сын того, кто промышлял алычой». Важная деталь: в отличие от фамилий на «-их/-ых» (закрепившихся на севере и в Черноземье), форма на «-ов» — общерусская, но особенно характерна для центральных и южных областей.

География фамилии подтверждает эту версию. Самые ранние и плотные записи Алышниковых встречаются в документах Воронежской, Курской и Тамбовской губерний — регионов, где алыча (тёрн) росла в изобилии, а её сбор и переработка были сезонным крестьянским промыслом. Встречаются также варианты написания «Алышников» и «Алыжников» — это следствие местного произношения, где «ш» и «ж» могли чередоваться (ср. «алыча» и диалектное «алыжа»).

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с тюркским именем Алыш (от глагола «ал» — брать, хватать). В таком случае Алышников — русифицированная форма отчества от тюркского прозвища. Но против этой версии говорит отсутствие фамилий на «-ников» от имён в русской традиции: обычно от имён образовывали фамилии на «-ов/-ев» (Алышев, Алышов), а «-ник» — маркер профессии. Поэтому первая версия выглядит убедительнее.

Фамилия недворянская и нестарая: она оформилась, скорее всего, в XVIII — начале XIX века, когда крестьянам и мещанам массово присваивали фамилии по прозвищам. Носители её — потомки южнорусских крестьян, которые знали толк в дикой сливе.