Фамилия Алюнов — редкий пример, когда основа угадывается не сразу, а при ближайшем рассмотрении открывается неожиданный смысл. Вопреки интуиции, корень здесь не «ал», а «алюн».

Самая вероятная версия — происхождение от прозвища или имени Алюн, которое, в свою очередь, восходит к диалектному слову «алюн» (или «ален»). В южнорусских и украинских говорах так называли оленя (сравните с украинским «олень»). Прозвище могли дать человеку за схожесть с этим животным — за стройность, быстроту, пугливость или, наоборот, за горделивую осанку. В этом случае фамилия Алюнов — «сын Алюна», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Вторая версия менее распространена, но имеет право на существование. В некоторых областях «алюном» называли небольшой, но упрямый предмет, зацепку или даже колючку. Прозвище могло закрепиться за придирчивым или цепким человеком. Однако эта гипотеза слабее: она не подкреплена широкой диалектной традицией, и скорее всего, мы имеем дело с тем же «оленьим» корнем, но в искажённом произношении.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, что указывает на принадлежность. Встречается она преимущественно в Поволжье и на юге России, что косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами. Интересно, что фамилия Алюнов — не единственная в этом ряду: есть однокоренные Аленин, Алёнин и более редкая Оленев, но Алюнов стоит особняком, сохранив именно диалектную форму слова.

В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались в основном среди крестьян и мещан, что типично для прозвищных фамилий, возникших в бытовой среде. Дворянских родов с такой фамилией не известно, так что перед нами пример народной, «земляной» ономастики.