Фамилия Алюнов — редкий случай, когда основа угадывается не сразу, а при ближайшем рассмотрении открывает неожиданный смысл. Вопреки интуиции, корень здесь не «ал», а «алюн». Самая вероятная версия — происхождение от прозвища или имени Алюн, которое восходит к диалектному слову «алюн» (или «ален»). В южнорусских и украинских говорах так называли оленя (сравните с украинским «олень»). Прозвище могли дать человеку за схожесть с этим животным — за стройность, быстроту, пугливость или, наоборот, за горделивую осанку. В этом случае фамилия Алюнов означает «сын Алюна», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель принадлежности, и здесь он работает без сюрпризов. Вторая версия менее распространена: в некоторых областях «алюном» называли небольшой, но упрямый предмет, зацепку или колючку. Прозвище могло закрепиться за придирчивым или цепким человеком. Однако эта гипотеза слабее — она не подкреплена широкой диалектной традицией, и скорее всего, мы имеем дело с тем же «оленьим» корнем, но в искажённом произношении.

Любопытно, что фамилия Алюнов стоит особняком в ряду однокоренных: есть Аленин, Алёнин и более редкая Оленев, но Алюнов сохранил именно диалектную форму слова. Встречается он преимущественно в Поволжье и на юге России, что косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались в основном среди крестьян и мещан — типичная среда для прозвищных фамилий, возникших в быту. Дворянских родов с такой фамилией не известно, так что перед нами пример народной, «земляной» ономастики, без громкой истории, но с живым диалектным корнем.