Фамилия Алюнин — редкая и неочевидная по корню. Она образована с помощью суффикса «-ин», который в русской модели обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на «-а» или «-я». Значит, в основе лежало имя или прозвище Алюня.

Самый прямой путь ведет к разговорной форме крестильного имени. В православных святцах есть имя Алексий (Алексей). В народе его сокращали до Алёша, Алёха, Алёня. Форма Алюня — возможный вариант этого же ряда, возникший под влиянием диалектного произношения или как ласкательное обращение. Таким образом, Алюнин — это буквально «сын Алюни», то есть потомок человека, которого в быту звали Алюней (производное от Алексей). Суффикс «-ин» здесь работает по той же логике, что и в фамилиях Ильин (от Илья) или Никитин (от Никита).

Есть и вторая версия, лингвистически допустимая, но менее вероятная. В русских говорах встречается слово «алюн» — так в некоторых областях называли растение аир или болотный корень. Прозвище Алюн мог получить человек, живший у болота, занимавшийся сбором трав или имевший какую-то особенность, связанную с этим растением. Однако эта гипотеза уступает первой: фамилии от имён встречаются гораздо чаще, чем от названий растений, а прозвища на «-я» (Алюня) в крестьянской среде были обычным делом.

Примечательно, что фамилия Алюнин встречается в основном на Русском Севере и в центральных областях России. Это косвенно подтверждает «именную» версию: именно в этих регионах были популярны уменьшительные формы канонических имён, которые позже закрепились в качестве фамилий. В Архангельской и Вологодской губерниях фиксировались фамилии Алёнин, Аленин — и Алюнин вполне мог быть их фонетическим вариантом, где «ё» перешло в «ю» под влиянием местного говора или просто как ласкательная форма. Фамилия не указывает на знатное происхождение или конкретное ремесло, зато она хранит живую народную форму имени, которая почти исчезла из современного обихода.