Фамилия Алюкин — редкий пример, когда основа не бросается в глаза, хотя словообразовательная модель прозрачна. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Алюкин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Алюка.

Самая вероятная версия — происхождение от Алюк как производной формы крестильного имени. В русской народной традиции полные церковные имена часто сокращали до простых и ласковых форм. Алюк мог возникнуть от имени Алексей (через цепочку Алексей → Алёша → Алюк) или от Александр (Александра → Аля → Алюк). Такие усечения с суффиксом -юк характерны для северных и центральных говоров, где «Алёша» могло звучать как «Алюк». Тогда Алюкин — буквально «внук или сын Алёши».

Вторая гипотеза, менее распространённая, отталкивается от диалектного слова. В некоторых русских говорах алюка — прозвище нерасторопного, мешковатого человека или, наоборот, того, кто «алюкает», то есть говорит невнятно, мычит. Прозвища по манере речи давали часто, и они легко переходили в фамилии. Однако эта версия уступает первой по частотности: в документах и переписях фамилии на -ин от имён встречаются в десятки раз чаще, чем от прозвищ.

Фамилия Алюкин — редкая. Она не фиксируется в массовых списках дворянских родов и не встречается в крупных исторических справочниках по боярству. Это говорит о крестьянском или мещанском происхождении: предки, скорее всего, были вольными хлебопашцами или ремесленниками, а фамилию получили при переписях в XVIII–XIX веках по имени отца или деда. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — Вологодской, Костромской, Кировской областям, где суффикс -ин и формы вроде Алюк были особенно распространены.