Фамилия Алюкеев — редкая и неочевидная с первого взгляда. Её происхождение уходит корнями в тюркские языки, и чтобы понять её, придётся заглянуть в мир личных имён и прозвищ, бытовавших у народов Поволжья и Приуралья.

Основа фамилии — имя или прозвище Алюкей. Это, скорее всего, диалектный или фонетический вариант тюркского имени Алюк, которое, в свою очередь, могло быть формой имени Али или производным от слова «ал» — «алый, красный», либо от «ал» в значении «возьми, бери» (в качестве пожелания). В татарской и башкирской среде такие имена с уменьшительно-ласкательным суффиксом -кей (Алюкей, Аликей) были распространены: они обозначали ласковое обращение к ребёнку или старшему родственнику.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычных основ. В XIX веке, при записи в метрические книги или ревизские сказки, к тюркскому имени Алюкей добавили русский патронимический суффикс, означающий «сын Алюкея». Так фамилия закрепилась за потомками человека по имени Алюкей.

Географически фамилия Алюкеев тяготеет к регионам с компактным проживанием татар и башкир — это Оренбургская, Челябинская области, Татарстан, Башкортостан. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении: вероятно, родоначальник был известен в одном-двух селениях, и фамилия не получила широкого распространения за их пределами.

Сословно предки-Алюкеевы, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами. В документах XVIII–XIX веков такая фамилия почти не встречается в дворянских родословных, что подтверждает её «низовое» происхождение: от личного имени, а не от географического названия или прозвища, связанного с родом занятий.