Фамилия Алюкеева — одна из тех, что звучат для русского уха необычно, но при ближайшем рассмотрении раскладывается на простые и логичные части. Самая убедительная версия её происхождения — русифицированная форма тюркской фамилии, образованной от мужского имени. Основа здесь «Алюкей», которое восходит к тюркскому имени Аллюкей или Алюк, а оно, в свою очередь, — вариант имени Али («высокий», «возвышенный») с добавлением ласкательного суффикса -кей. Этот суффикс характерен для татарской, башкирской и казахской антропонимии, он придаёт имени оттенок уменьшительности или почтительности: Алюкей — это «маленький Али» или «Али-батюшка».

Суффикс -ев в окончании работает как стандартный русский патроним: Алюкеев — сын Алюкея. Форма Алюкеева — женский вариант той же фамилии. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью, особенно к территориям, где исторически жили татары и башкиры. Встречается она и среди чуваш, у которых также распространены имена с компонентом Али.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «алюк» (в некоторых говорах — петля, силок, западня). В этом случае прозвище Алюкей мог получить охотник, ставивший силки, или человек, которого считали «хитрым, как петля». Но для фамилии Алюкеева первая, «именная» версия выглядит убедительнее: в тюркской среде фамилии от имён отцов — массовое явление, а прозвищный вариант дал бы больше разнобоя в написании.

Фамилия редкая, недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дореволюционных метрических книгах её носители фиксировались в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях. Сейчас Алюкеевы живут в Татарстане, Башкортостане, а также в Челябинской и Самарской областях.