Фамилия Алюкаев — одна из тех, где корень не бросается в глаза, а суффикс подсказывает географию. Основа здесь — Алюкай. Суффикс -ев указывает на происхождение от мужского имени или прозвища, которое заканчивалось на согласный или -й. В русской ономастике такие фамилии чаще всего встречаются на бывших окраинах Московского государства и в Поволжье, где смешивались славянские и тюркские традиции именования.

Самое правдоподобное объяснение корня — тюркское. «Алюка» или «алюкай» в ряде тюркских языков (татарском, башкирском) может означать «пестрый», «рябой» или быть уменьшительно-ласкательной формой от имени со значением «взятка» или «подарок» (от «ал» — бери). В старых записях встречается имя Алюкай, которое давали ребенку как оберег: считалось, что имя со значением «взятый» или «подаренный» отводит злые силы. Вторая версия, менее вероятная, — от русского диалектного слова «алюка» (неуклюжий, неловкий человек), но оно редкое и локальное, а суффикс -ай для русских прозвищ нехарактерен.

Если смотреть по сословной принадлежности, то Алюкаевы, скорее всего, были крестьянами или служилыми людьми «по прибору» (стрельцами, казаками, ямщиками) на юго-восточных рубежах России. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется в Казанской, Симбирской и Оренбургской губерниях — как раз в зоне активных контактов русских с татарами и башкирами. Интересно, что в некоторых переписях Алюкаевых записывали как «новокрещенов» — то есть крещеных татар, принявших православие и вместе с ним русскую фамилию.

Сравните с однокоренными фамилиями: Алюков, Алюшин, Алюев. У Алюкаева суффикс -ев и конечный -ай в основе выдают более архаичную форму прозвища, которое потом застыло в фамилии. В современной России Алюкаевы встречаются редко, в основном в Татарстане, Башкортостане и соседних областях — это подтверждает версию о тюркском следе.