Фамилия Алюшкаев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить типичный русский фамильный суффикс -ев (указывающий на принадлежность: «чей?» — Алюшкаев). Останется основа Алюшкай. В ней слышится тюркское или кавказское имя, переделанное на русский лад.

Самая вероятная версия: Алюшкай — это русифицированная форма тюркского имени Алыш (Алыш-кай). В тюркских языках (татарском, башкирском, карачаево-балкарском) имя Алыш имеет значение «обмен», «взаимность» или «тот, кто меняет». Суффикс -кай (или -гай) — уменьшительно-ласкательный, характерный для тюркской антропонимии. Таким образом, Алюшкай — «маленький Алыш», «Алыш-крошка». Фамилию на -ев могли получить дети или потомки этого Алюшкая при переходе на русскую систему именования, что часто происходило у крещёных татар или народов Поволжья.

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит прозвище от диалектного глагола «алюшкать» (в некоторых говорах — «кричать, аукать»). Но такая гипотеза слаба, потому что глагол редкий, а фамилия явно тяготеет к восточным корням.

Географически фамилия Алюшкаев встречается в основном на юге России и в Поволжье: в Астраханской области, Калмыкии, Татарстане. Это подтверждает связь с тюркоязычной средой. Сословно предки могли быть крестьянами или казаками, принявшими фамилию по имени отца при переписях XIX века. Точных сведений о дворянском происхождении нет — это фамилия народная, бытовая.

Таким образом, Алюшкаев — это «сын Алюшкая», а сам Алюшкай, скорее всего, ласковое прозвище человека по имени Алыш. Фамилия несёт в себе отпечаток давнего культурного смешения тюркских и русских традиций.