Фамилия Алюшкаев — одна из тех, где за привычным русским окончанием прячется иноязычная основа. Чтобы добраться до корня, отсекаем фамильный суффикс -ев, который отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность. Остаётся Алюшкай — именно это имя или прозвище и стало исходным.

Самая убедительная версия отсылает нас к тюркской антропонимии. Алюшкай — это русифицированная форма тюркского имени Алыш, к которому добавили уменьшительно-ласкательный суффикс -кай (или -гай). В татарском, башкирском, карачаево-балкарском языках имя Алыш означает «обмен», «взаимность» или «тот, кто меняет». Получается, что Алюшкай — это «маленький Алыш», ласковое домашнее имя. Когда в XIX веке крещёные татары и другие народы Поволжья переходили на русскую систему фамилий, дети и потомки такого Алюшкая получали фамилию на -ев, то есть буквально «сын Алюшкая».

Встречается и другая гипотеза — будто фамилия пошла от диалектного глагола «алюшкать» (в некоторых говорах — «кричать, аукать»). Но эта версия слаба: глагол редкий, а сама фамилия явно тяготеет к восточным корням, поэтому серьёзно её рассматривать не стоит.

География фамилии подтверждает тюркскую версию. Алюшкаевы встречаются в основном на юге России и в Поволжье: в Астраханской области, Калмыкии, Татарстане. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или казаками — фамилию им дали при переписях по имени отца. Дворянских корней у неё нет, это народная, бытовая фамилия, в которой сплелись тюркское имя и русский способ образования.