Фамилия Алюшенко — типичный образец украинской модели фамилии, где суффикс «-енко» изначально служил для указания на потомка. Это буквально «чей?» — Алюшенко, то есть сын или внук человека по имени Алюш. Основа фамилии — народная, ласкательная форма крестильного имени Алексей. В бытовой речи имя Алексей давало множество сокращений: Алёша, Лёша, а также Аля, Алюша. Форма Алюша была распространена в южнорусских и украинских говорах. Значит, Алюшенко — это «Алюшин сын», потомок Алексея, которого в семье звали ласково Алюшей.

Существует и менее вероятная версия — тюркская. В тюркских языках есть слово «алыш» (взаимный обмен, торговля) или имя «Алюш». Но для украинской фамилии с типичным славянским суффиксом эта гипотеза выглядит натянутой: имя Алюш в тюркской среде редкое, а на юге Украины, где фамилия могла возникнуть, преобладали славянские антропонимы.

Географически Алюшенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне и казаки. Социально носители фамилии, вероятно, относились к крестьянскому или казачьему сословию: суффикс «-енко» в малороссийской среде был массовым именно у простого люда, тогда как дворянские фамилии чаще оформляли на «-ский» или «-ов».

В отличие от фамилий на «-ов», которые фиксировали принадлежность отцу (Алексеев — сын Алексея), Алюшенко сохранило живую разговорную форму имени. Это говорит о неформальной, семейной среде возникновения. Фамилия не получила широкого распространения за пределами Украины и юга России, оставаясь локальной, но узнаваемой. В документах встречается написание с одной «л» (Алюшенко) или с удвоенной, но вариант с одной буквой — основной.