Фамилия Амакасов — редкая, и её происхождение, скорее всего, позднее. В ней нет ни древней боярской основы, ни очевидного крестьянского корня из центральной России. Всё указывает на искусственное образование, которое могло появиться в XIX веке в среде духовенства или в результате канцелярской записи.

Разбор по составу прост: суффикс -ов — стандартный русский патронимический показатель, отвечающий на вопрос «чей?». Основа — Амакас. Это слово не похоже ни на крестильное имя, ни на бытовое прозвище, ни на тюркское заимствование вроде «-бай» или «-бек», которые легко переводятся. Самая правдоподобная версия: Амакас — это искажённая или сокращённая форма библейского имени или географического названия.

В ономастике известны случаи, когда семинаристам давали фамилии от названий церковных праздников или имён святых, часто в латинизированной или грецизированной форме. Имя Амос (древнееврейское «несущий бремя») в греческом произношении могло превратиться в «Амакос» или «Амакас». Сравните: фамилия Амакосов (или Амакасов) могла появиться в духовных училищах, где будущим священникам подбирали «благозвучные» фамилии по названию храма или по имени почитаемого пророка. Эта версия не бесспорна, но она объясняет и редкость фамилии, и её книжный, «кабинетный» характер.

Менее вероятно, что в основе лежит тюркское имя Амак (встречается у татар и башкир) с добавлением русского суффикса -ас (как в фамилиях Кудасов, Буласов). Тогда «Амакас» — русифицированная форма отчества от имени Амак. Однако фамилии на -асов чаще встречаются в Поволжье, а Амакасов — судя по скудным данным, скорее центрально-русская фамилия. Это склоняет чашу весов в пользу «семинарской» версии.

Географически фамилия Амакасов встречается крайне редко, в основном в единичных записях по Московской и соседним областям. Это подтверждает её «штучный» характер: она не разошлась широко по крестьянским общинам, а осталась в пределах одной-двух семей, возможно, потомков одного священника или дьячка.