Фамилия Аманатов происходит от прозвища Аманат. Слово «аманат» арабского происхождения, и в Древней Руси, и в восточных странах им называли заложника — человека, которого удерживали в обеспечение договора или верности племени. Особенно широко такая практика применялась во время присоединения Сибири: русские власти брали аманатов из родоплеменной знати коренного населения, чтобы гарантировать своевременную уплату ясака (дани). Аманатов содержали на особых «аманатских дворах» с караульной избой, и им полагалось казённое довольствие. Вероятно, основатель рода Аманатовых сам когда-то находился в таком положении.

В словаре Макса Фасмера отмечено, что у донских казаков слово «аманат» приобрело иное значение — «обманщик». Если прозвище возникло в этой среде, оно могло указывать не на обстоятельства жизни, а на черту характера: хитрость или необязательность.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Аманат добавили суффикс -ов, который в данном случае указывает на принадлежность («сын Аманата»). Со временем потомки человека с прозвищем Аманат закрепили за собой эту фамилию.