Фамилия Аманатовы происходит от прозвища Аманат. Слово «аманат» арабского происхождения и в Древней Руси, а также в некоторых восточных странах, означало «заложник». В зоне особого риска оказывались представители знати покоренных народов: во время освоения Сибири русские власти удерживали аманатов из родоплеменной верхушки, чтобы их соплеменники исправно платили ясак (дань). Таких заложников держали на «аманатском дворе» с особой караульной избой и выдавали им казенное содержание. Вероятно, предок рода Аманатовых сам попадал в заложники по долговому обязательству или в рамках политического договора.

Впрочем, у донских казаков, по данным словаря М. Фасмера, то же слово приобрело иное значение — «обманщик». Если прозвище Аманат закрепилось за человеком в казачьей среде, оно могло указывать не на его печальную судьбу заложника, а на особенности характера или поведения. Так что носитель фамилии мог получить ее как по трагическому, так и по бытовому поводу.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Аманат добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Аманата» или «потомок Аманата». Это одна из самых распространенных словообразовательных схем в русских фамилиях, поэтому однозначно определить географию или сословную принадлежность первых Аманатовых сложно. Процесс формирования фамилий был долгим, и точное место и время появления этой фамилии сейчас установить едва ли возможно.