Фамилия Аманкосов — редкий пример, где в основе лежит не славянское, а тюркское составное имя. Её разумно разбирать не с суффикса, а с корня, потому что именно в нём скрыта ключевая загадка.

Основа «Аманкос» почти наверняка восходит к тюркскому мужскому имени, которое складывается из двух частей. Первая — «аман» (в переводе с казахского, киргизского и других тюркских языков — «целый», «невредимый», «здоровый»; в приветствиях «амансыз ба?» — «здоровы ли вы?»). Вторая часть — «кос» или «кож» (от тюркского «коз» — «глаз», либо от «кош» — «кочевье», «стоянка», или от «кус» — «птица»). Самый вероятный смысл цельного имени — «здоровый глаз» или «невредимый глаз», что могло быть прозвищем-оберегом: родители нарекали так ребёнка, чтобы сберечь его от сглаза или болезней глаз. Менее правдоподобна версия с «кош» — «здоровое кочевье» (скорее всего, это натяжка, так как в антропонимике тюрков компонент «коз/кос» в именах встречается чаще). Имя Аманкос фиксируется у казахов, башкир и ногайцев.

Модель образования фамилии — типичная для русского языка, но с тюркской основой: к имени Аманкос прибавили русский патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность к роду: «чей?» — Аманкосов, то есть сын или потомок Аманкоса. Окончание -ов вместо -ин подчёркивает, что имя оканчивалось на твёрдый согласный (Аманкос, а не Аманкош).

Географически фамилия встречается в основном в Оренбургской, Астраханской областях России и в Казахстане — в зоне исторического расселения тюркоязычных народов, принявших православие или вступивших в контакт с русским населением. Сословно предки Аманкосовых, скорее всего, были казаками или крестьянами из тюркской среды, которые обрусели несколько поколений назад. Дворянских родов с такой фамилией в официальных родословных книгах не зафиксировано.

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе немного: встречаются Аманкозов, Аманкошев — варианты, где вторая часть имени записана через «з» или «ш» в зависимости от местного произношения. Спорной версией можно считать связь с иранским «аман» (в значении «безопасность»), но тюркская этимология для этой фамилии убедительнее из-за распространённости имени Аманкос именно в тюркской среде.