Фамилия Амарией — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение стоит искать не в славянских корнях, а в западноевропейских или, скорее, в библейско-еврейских традициях. В русской среде такие фамилии встречаются у потомков крещёных евреев или у людей, чьи предки жили в регионах со смешанным населением (например, в Прибалтике, Бессарабии или на западе Украины). Основа «Амари» восходит к древнееврейскому имени Амария (Amaryahu), что означает «Господь сказал» или «обещанный Богом». Это имя встречается в Ветхом Завете — так звали нескольких священников и левитов.

Фамилия образована не по типичной русской модели с суффиксами -ов/-ев или -ин, а с помощью окончания -ей, что характерно для фамилий, заимствованных из идиша или немецкого языка (ср. Гольдберг, Эпштейн, но с русификацией окончания). В таком виде она могла закрепиться при переходе в русское подданство: исходная форма, скажем, Амари или Амарий, получила окончание -ей по аналогии с фамилиями вроде Андреев или Матвеев, но без присоединения патронимического суффикса. Другая версия — что это топонимическая фамилия от названия места Амария (например, в Израиле или в Европе), но для русского контекста это менее вероятно.

В дореволюционной России носители фамилии Амарией могли принадлежать к мещанскому или купеческому сословию, часто — к еврейским общинам, которые получали фамилии при переписях в XIX веке. Географически фамилия почти не встречается в центральных губерниях; единичные упоминания в метрических книгах относятся к юго-западным регионам (Киевская, Подольская губернии) и к Одессе. Сегодня это редкая фамилия, и её носители, скорее всего, могут проследить родство через церковные записи конца XIX века.