Фамилия Амеркенов — редкий пример того, как арабский корень оброс тюркским суффиксом и затем получил русское фамильное окончание. В её основе лежит имя Амеркен, которое образовано от арабского «Амир» (повелитель, князь) с добавлением тюркского уменьшительно-ласкательного суффикса -кен. В казахском, татарском и башкирском языках этот суффикс придаёт имени оттенок «маленький» или «младший», поэтому Амеркен можно перевести как «маленький повелитель» или «князёк». Такая модель типична для народов, где имена смягчали, давая их детям в знак уважения к старшим или в качестве оберега.

Русское окончание -ов указывает на принадлежность: «сын Амеркена» или «из рода Амеркена». В XIX — начале XX века, когда тюркские народы массово получали русские фамилии, к отцовским именам прибавляли -ов/-ев, и Амеркенов закрепился в документах именно так. Встречается фамилия преимущественно у казахов, татар и башкир, особенно в Оренбургской, Челябинской областях и в Казахстане.

Редкость этой фамилии — в сочетании арабского корня с тюркским суффиксом. В отличие от более частых Амировых или Амерхановых, Амеркенов сохраняет архаичную уменьшительную форму, которая в современном тюркском языке почти вышла из употребления. Это позволяет предположить, что предки носителя фамилии жили в регионе, где долго держались старые диалектные традиции имяобразования.

Сословно предки Амеркеновых могли быть как кочевниками-скотоводами, так и оседлыми крестьянами или ремесленниками. Фамилия не указывает на аристократическое происхождение — скорее на то, что основатель рода носил личное имя Амеркен, которое в его среде было обычным, а не титульным.