Фамилия Амеркенов образована от тюркского имени Амеркен, в основе которого лежит арабское «Амир» (повелитель, князь) с добавлением уменьшительно-ласкательного суффикса -кен. В казахском, татарском и башкирском языках этот суффикс придаёт имени оттенок «маленький» или «младший», поэтому Амеркен можно перевести как «маленький повелитель» или «князёк». Такая модель типична для народов, где имена нередко смягчали, давая их детям в знак уважения к старшим или в качестве оберега.

Фамилия Амеркенов — русская по оформлению, но тюркская по корню. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Амеркена» или «из рода Амеркена». Встречается она преимущественно у казахов, татар и башкир, особенно в Оренбургской, Челябинской областях и в Казахстане. В русских документах фамилия закрепилась в XIX — начале XX века, когда тюркские народы массово получали русские фамилии через прибавление окончаний -ов/-ев к отцовским именам.

Редкий элемент в фамилии — сочетание арабского корня с тюркским суффиксом. В отличие от более частых Амировых или Амерхановых, Амеркенов сохраняет архаичную уменьшительную форму, которая в современном тюркском языке почти вышла из употребления. Это позволяет предположить, что предки носителя фамилии жили в регионе, где долго держались старые диалектные традиции имяобразования.

Сословно предки Амеркеновых могли быть как кочевниками-скотоводами, так и оседлыми крестьянами или ремесленниками. Фамилия не указывает на аристократическое происхождение — скорее на то, что основатель рода носил личное имя Амеркен, которое в его среде было обычным, а не титульным.