Фамилия Амиргусейнов начинается не с бытового прозвища или профессии, а с личного имени, причём составного. Её основа — мусульманское имя Амиргусейн, сложенное из двух арабских корней: «амир» (повелитель, князь, военачальник) и «Хусейн» (уменьшительная форма от «хасан» — красивый, хороший; это имя второго внука пророка Мухаммеда). Получается «повелитель Хусейн» или «князь Хусейн» — форма, где первая часть выступает почти как почётный титул при имени. К основе Амиргусейн добавили русский патронимический суффикс -ов, который в тюркской и кавказской среде закрепился как стандартный способ русификации фамилий. То есть Амиргусейнов буквально означает «сын Амиргусейна» или «потомок Амиргусейна». Суффикс -ов, а не -ев, указывает на то, что основа заканчивается на твёрдый согласный (н), что типично для фамилий, возникших у народов Северного Кавказа и Закавказья в XIX–XX веках, когда шла массовая запись в метрики и паспорта.

Географически фамилия почти наверняка привязана к Азербайджану или к лезгинским и талышским общинам южного Дагестана. Встречается она и у горских евреев, но там чаще встречается вариант Амиргусейнов с тем же значением. В азербайджанской среде имя Амиргусейн было распространено среди шиитов, почитающих имама Хусейна, и первая часть «амир» подчёркивала уважение к носителю имени — не столько светский титул, сколько религиозный эпитет. Спорных версий у фамилии почти нет: двусоставные арабские имена с «амир» в начале (Амирхан, Амирмурад, Амиргамза) хорошо изучены, и Амиргусейн вписывается в этот ряд. Единственное, что может сбить с толку — попытка прочитать фамилию как «Амир Гусейнов», то есть как имя и фамилию по отцу. Но в русской записи она слилась в единое целое, и ударение в ней, судя по живому произношению, падает на последний слог: Амиргусе́йнов.

Сословно носители фамилии не выделялись в особую группу: это могли быть и крестьяне, и горожане, и духовные лица (муллы, ахунды). В дореволюционных списках Кавказа фамилия встречается среди мещан и купцов Шемахы, Баку, Дербента. Сегодня её можно найти в Азербайджане, России (особенно в Дагестане и Москве) и в азербайджанской диаспоре за рубежом.