Фамилия Ананишины (в мужском варианте — Ананишин) образована от имени собственного, но её словообразовательная модель заслуживает отдельного разбора. В отличие от самых распространённых русских фамилий на -ов/-ев, здесь использован суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «Ананишин», то есть сын, потомок Ананиши.

Основа фамилии — Ананиша, просторечная форма церковного имени Ананий. В переводе с древнееврейского Ананий означает «отмеченный милостью Божией». Это имя носил один из апостолов от семидесяти, что обеспечило ему популярность в святцах и, как следствие, в крестьянской и купеческой среде. В быту полное церковное имя часто сокращали или переделывали на русский лад — так и появился вариант Ананиша, от которого пошла фамилия.

Менее вероятна версия, что в основе лежит не имя, а прозвище Ананья из диалектного слова, означавшего «ласковый, льстивый человек». Если это так, то фамилия могла указывать на особенности характера родоначальника, а не на его крестильное имя. Однако для фамилий на -ин, образованных от личных имён, вариант с Ананишей как производной от Анания остаётся наиболее правдоподобным — такие переделки имён были массовым явлением в XV–XVII веках.

Географически фамилия Ананишины встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где суффикс -ин особенно характерен для фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -их/-ых (типа Ананиших), которые закрепились на севере и в Сибири, форма Ананишин тяготеет к более южным и среднерусским говорам.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий. Ясно одно: Ананишины принадлежат к древнему пласту русских фамилий, где в основе лежит не прозвище по ремеслу или внешности, а личное имя, данное при крещении. Это делает фамилию прямым наследником христианской традиции именования.