Фамилия Ананишин образована от просторечной формы Ананиша, которая восходит к церковному имени Ананий. В переводе с древнееврейского это имя означает «отмеченный милостью Божией». Такие обиходные варианты канонических имен были широко распространены в русской деревне: Ананиша, Анашка, Анаха — все они вели к появлению фамилий на -ин, указывающих на принадлежность «сыну Ананиши».

Менее вероятна версия, связывающая фамилию с прозвищем Ананья от диалектного слова «ананья» — ласковый, льстивый человек. Тогда фамилия указывала бы не на имя, а на черту характера предка. Однако ономастика чаще фиксирует переход именно крестильных имен в фамилии через уменьшительные формы, поэтому первая гипотеза правдоподобнее.

Суффикс -ин в фамилии Ананишин — типичная русская модель принадлежности: чей? — Ананишин, то есть сын Ананиши. В северных и центральных губерниях России такие фамилии на -ин встречались чаще, чем на юге, где предпочитали -ов/-ев. Сама фамилия редкая, не входит в число массовых русских фамилий, что говорит о локальном бытовании — возможно, в одной или нескольких соседних волостях.

Форму Ананишин, а не Ананьин или Анашин, сохранил именно тот вариант имени, который был в ходу у конкретной семьи.