Ананиша – просторечный вариант церковного имени Ананий, которое в переводе с древнееврейского означает «отмеченный милостью Божией». Менее вероятно, что в основе этой фамилии лежит прозвище Ананья, которое восходит к аналогичному диалектному слову со значением «ласковый, льстивый человек». Следовательно, это прозвище указывало на особенности характера предка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ананиша, со временем получил фамилию Ананишин.