Фамилия Ананишева — редкий пример, когда женская форма закрепилась в документах раньше мужской, или, как минимум, встречается не реже неё. Основа фамилии — крестильное имя Ананий (древнееврейское «Ханания» — «Яхве милостив»). В святцах это имя носил один из первых христианских мучеников, и на Руси оно было распространено во всех сословиях, хотя чаще встречалось в крестьянской и мещанской среде. От имени Ананий образовалась уменьшительная форма Ананиш — так в быту называли человека, чтобы не звать полным именем. Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Ананишев, то есть сын или потомок Ананиша.

Обратите внимание на суффикс -иш-: в русской ономастике он не так част, как -к- (Ананькин) или -ов- (Ананьев). Суффикс -иш- мог передавать не только уменьшительность, но и оттенок фамильярности или даже пренебрежения — в зависимости от контекста. В северных и центральных говорах такие формы нередко становились прозвищами, а затем фамилиями. Ананишев — это не «сын Анания», а именно «сын Ананиша», что делает фамилию более конкретной, личной, привязанной к конкретному человеку с этим прозвищем.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и северо-западным регионам России. Встречается она и в украинских, и в белорусских метриках, но с ударением, которое может смещаться на второй слог. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Ананьев, Ананьин, Анашкин — то Ананишева стоит особняком: она образована не от полного имени и не от стандартного уменьшительного, а от локальной, диалектной формы. Это говорит о том, что предки носительницы фамилии, скорее всего, жили в относительно замкнутой среде, где прозвище Ананиш было понятно всем вокруг, но за пределами этой местности могло звучать необычно.

Сословный состав носителей фамилии в XIX веке был преимущественно крестьянским. Дворянских родов Ананишевых не зафиксировано — это фамилия «низовая», бытовая. В переписных книгах и ревизских сказках Ананишевы встречаются среди государственных крестьян, реже — среди мещан. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно, что для рядовой русской фамилии совершенно нормально: её ценность не в громких титулах, а в сохранении живого народного имени, которое почти вышло из обихода.