Фамилия Ананишев — редкий случай в русской ономастике, когда церковное имя дало целое гнездо фамилий, но одна из них оказалась на периферии. В основе лежит каноническое имя Ананий, которое пришло из древнееврейского через греческий язык. В Библии Анания — один из трёх отроков, не сгоревших в печи вавилонской. Имя означает «благодать Божия» или «Бог милостив». В быту на Руси оно быстро прижилось в просторечной форме Ананиш, от которой и пошла фамилия с патронимическим суффиксом -ев.

Словообразовательная модель проста: Ананиш (разговорная форма имени Ананий) плюс суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «сын Ананиша». Это отличает фамилию от более распространённых Ананьев (от Ананий) и Ананин (от Ананя). Суффикс -иш- в основе — характерная черта севернорусских и некоторых среднерусских говоров, где имена часто укорачивали или «упрощали» для бытового произношения. Сравните: Иван — Иваниш, Трофим — Трофимиш.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и центральным областям России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с именем Ананишко, что подтверждает народное бытование этой формы. Ананишевы — это потомки не знатного рода, а скорее крестьян или ремесленников, которых в документах записывали по отцу: «Ананишев сын» или просто «Ананишев».

Любопытная деталь: в некоторых говорах имя Ананий путали с Анисимом, поэтому нельзя исключать, что часть Ананишевых на самом деле ведёт род от Анисима (греч. «исполнение, завершение»). Но это версия слабая — в старых актах форма Ананиш встречается именно как производная от Анания, а не от Анисима. Смешение происходило позднее, уже в XIX веке, при записи в метрики.

Сегодня фамилия остаётся малочисленной. Её носители — потомки тех, кто сохранил в фамилии память о библейском имени, но в той огласовке, которую дала живая речь, а не церковная книга.