Фамилия Ананишнов — редкий пример того, как церковное имя обрастает нестандартными суффиксами, выдающими конкретную местность. В основе лежит каноническое имя Ананий (от древнееврейского «Ханания» — «Яхве смилостивился»). Это имя давали в честь одного из апостолов от семидесяти, и в святцах оно было распространено. Однако путь к фамилии получился не прямым, а через уменьшительную форму.

Сначала от полного имени Ананий образовали обиходный вариант Ананиш. Суффикс -иш характерен для северных и среднерусских говоров — в старых писцовых книгах XVII века встречается, например, крестьянин Ананишко. Затем к этой основе добавили притяжательный суффикс -ов, который в русской традиции закрепляется за фамилиями на согласный: Ананиш + ов → Ананишов. Но в фамилии Ананишнов между корнем и суффиксом вклинивается дополнительное -н-. Это не опечатка, а следствие живого произношения: в говорах, где «икали» или редуцировали гласные, форму Ананишнов могли произносить как «Ананишнав», а на письме закрепился вариант с двойным «н» по аналогии с отчествами (типа Ильин → Ильинов).

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и северо-востоку европейской России. В переписях XIX века Ананишновы встречаются в Нижегородской, Костромской и Вятской губерниях — регионах, где любили уменьшительные имена на -иш и где фамилии часто дооформлялись на письме по принципу «как слышу, так и пишу». Носитель этой фамилии в XVI–XVII веках, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком: имя Ананий не было дворянским, а сложная форма фамилии говорит о том, что она закрепилась в среде, где прозвище передавалось по отцу без переделки.

Интересно, что однокоренные фамилии Ананьев, Ананичев, Анашкин встречаются гораздо чаще. Ананишнов же стоит особняком — это свидетельство того, что предки говорили не на литературном языке, а на местном диалекте, где имя могли «укорачивать» нестандартно. Если искать аналоги по модели, то можно вспомнить фамилии вроде Калашников (от калач → Калаш → Калашников) или Прянишников (от пряник → прянишник). Только в случае с Ананишновым исходное слово — не ремесло, а личное имя, что делает фамилию чисто патронимической, но с диалектным налётом.