Фамилия Ананишникова — женская форма от Ананишников, а та, в свою очередь, образована от прозвища или отчества Ананишник. В основе лежит редкая народная форма крестильного имени Ананий. В православных святцах это имя носит один из семидесяти апостолов, Анания, который крестил апостола Павла. Однако в быту имя приобрело множество уменьшительных вариантов: Ананя, Анаха, Анаша и, что нас интересует, Ананиш. Суффикс -иш- здесь не столько увеличительный (как в «ручища»), сколько просторечный, свойственный северным и северо-западным говорам. Он придавал имени фамильярно-ласкательный оттенок, что-то вроде «Ананий-дружок».

Словообразовательная цепочка проста: Ананиш (прозвище) + суффикс -ник (указывает на принадлежность к определённому лицу или роду занятий) + -ов (притяжательный суффикс, означающий «чей?»). Таким образом, Ананишников буквально — «сын Ананишника», то есть потомок человека, которого в округе звали Ананишем или который сам носил прозвище Ананишник. Второй вариант, с суффиксом -ник, мог означать человека, находящегося в услужении у Ананиша или живущего на его дворе, но в русских фамилиях такая модель чаще фиксирует именно отчество.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите Ананишникову, ваши предки с высокой вероятностью происходят из Вологодской, Костромской или Архангельской губерний, где были распространены подобные «икающие» формы имён. В сословном плане это почти наверняка крестьянская или мещанская среда — в дворянской среде предпочитали более книжные, полные формы имени.

Любопытная деталь: в некоторых говорах слово «ананишник» могло закрепиться и как самостоятельное прозвище, за пределами имени. Например, так могли назвать человека, который постоянно поминал Анания всуе, или же — по созвучию с диалектным «ананья» (простак, разиня). Но это лишь гипотезы, не подкреплённые массовыми записями. Основная версия — от имени Ананий через форму Ананиш — остаётся самой простой и правдоподобной.