Фамилия Ананина — одна из тех, что образованы от полного или производного церковного имени. В основе лежит мужское имя Ананий, а точнее — его просторечная форма Ананя. Имя Ананий пришло из древнееврейского языка и означает «отмеченный милостью Божией». В русской крестьянской и рабочей среде такие сокращённые имена были в ходу: вместо полного Ананий человека звали Ананя, а его детей — «чьи вы?» — Ананины. Со временем это отчество закрепилось как фамилия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «Ананина» значит «дочь (или жена) Анани». В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Это одна из самых распространённых моделей в северных и центральных регионах России, где в документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с таким именованием.

Интересно, что имя Ананий в святцах не было редким: его носили несколько раннехристианских святых, в том числе один из апостолов от семидесяти. Однако в быту полное имя использовали редко, предпочитая краткие формы — Ананя, Анаха, Анашка. Фамилия Ананина как раз и зафиксировала одну из таких обиходных версий.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Ананьев, Ананьин, Анашин, — то Ананина выделяется именно суффиксом -ин, который часто встречается в женских фамилиях, но в русской традиции закрепился и как родовой для мужчин (ср. Смирнов — Смирнова). Поэтому Ананина — не «женский» вариант, а полноценная фамилия, которая могла принадлежать и мужчине, и женщине, хотя сегодня в паспортах она чаще встречается у женщин.

Скорее всего, основатель рода Ананиных был человеком из крестьянской или рабочей среды — имя Ананя в документах XVI–XVII веков встречается именно в этих слоях. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что косвенно подтверждает её простонародное происхождение. Таким образом, потомок человека по имени Ананя со временем получил фамилию Ананина — и она сохранила память о предке, которого в семье звали просто и уважительно, по-домашнему.