Фамилия Ананин образована от просторечной формы крестильного имени Ананий, которое в русском языке звучало как Ананя. Само имя Ананий пришло из древнееврейского языка, где означало «отмеченный милостью Божией». Такая модель — от основы Анан- с помощью патронимического суффикса -ин — указывает, что предок носителя фамилии был сыном человека по имени Ананя. В быту имя Ананя было распространено среди простых людей, поэтому фамилия Ананин принадлежит к числу типичных русских «полуотчеств»: её давали не по полному церковному имени, а по его обиходному варианту, который был короче и удобнее в повседневной речи.

Интересно, что у фамилии есть и менее очевидный источник: в северных и сибирских говорах словом «ананя» могли называть ласкового, добродушного человека. Не исключено, что в отдельных случаях фамилия Ананин закрепилась не за потомком Анании, а за человеком, получившим такое прозвище по характеру. Однако основная версия — патронимическая, от имени, — остаётся главной и подтверждается массовостью фамилии в старых переписных книгах.

В документах XVI–XVII веков фамилия встречается в разных регионах, но особенно часто — в северорусских землях и на Вятке. Например, в писцовых книгах по Устюгу Великому упоминаются крестьяне Ананины, что говорит о крестьянском происхождении большинства носителей. Среди дворянских родов фамилия не зафиксирована, поэтому социальный контекст у неё однозначный: это фамилия крестьян и посадских людей, которые получили её по отцу или деду.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Ананьев, Ананьин, — то Ананин стоит особняком: суффикс -ин присоединяется к основе, оканчивающейся на -а, что типично для имён с конечным -я. Фамилии Ананьев и Ананьин образованы от полной формы Ананий с помощью суффикса -ев или от варианта Ананья, тогда как Ананин — прямой потомок именно формы Ананя. Эта деталь помогает отличить фамилию от похожих и понять, что её носители происходят из среды, где имя сокращали до самого простого звучания.

Сегодня фамилия Ананин встречается нечасто, но сохранилась в нескольких регионах России, преимущественно в Кировской, Архангельской и Вологодской областях. Встречается она и в Сибири, куда переселенцы с Русского Севера принесли её в XVII–XVIII веках.