Фамилия Ананины образована от крестильного имени Ананий, которое в бытовой, просторечной среде закрепилось в форме Ананя. Это имя пришло на Русь с христианством из древнееврейского языка, где означало «отмеченный милостью Божией». Именно от обиходной, «домашней» версии имени — Ананя — и пошла фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Ананин — это «сын Анани» или «человек из рода Анани».

Такая модель образования — от разговорного, а не церковно-книжного варианта имени — встречается у многих русских фамилий: например, от имени Иоанн пошли не только Ивановы, но и просторечные Ваньковы и Ванины. То же самое с Ананиным: имя Ананий в народе произносили как Ананя, и именно эта форма дала начало фамилии. Если бы предок носил полное церковное имя, фамилия могла бы звучать как Ананиев, но этого не произошло — значит, в основе лежит именно уличная, бытовая традиция.

О точном времени и месте возникновения фамилии говорить сложно: фамилии у крестьян и посадских людей в разных регионах закреплялись вплоть до XIX века. Однако имя Ананий известно по святцам — его носил один из апостолов от семидесяти, и в старину оно было нередким. Встречается и фамилия Ананьин, которая образована от той же основы, но с другим суффиксальным оформлением. Оба варианта — родственные, хотя Ананины, строго говоря, восходят именно к форме Ананя.

В современных справочниках фамилия Ананин не относится к числу самых частотных, но её носители встречаются в разных регионах России. Примечательно, что в некоторых говорах имя Ананий могло звучать как Анан, что тоже могло дать начало фамилии, но для Ананиных исходной точкой остаётся именно форма на -я.