Фамилия Ананишина — женская форма, а её мужской вариант — Ананишин. Эта фамилия принадлежит к распространённому типу русских фамилий на -ин, которые образуются от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В основе лежит имя Ананиша — просторечная, обиходная форма крестильного имени Ананий. Имя Ананий (от древнееврейского «Ханания» — «Яхве милостив») было в святцах и встречалось в России довольно часто, особенно в среде крестьян и мещан. Соответственно, Ананишей в быту могли называть человека, носившего полное церковное имя Ананий, а его потомки получали фамилию Ананишины.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин присоединяется к основе Ананиш-. Это типичный «посессивный» суффикс, отвечающий на вопрос «чей?»: сын Ананиши, то есть Ананишин сын. В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего указывают на прямое родство с человеком, чьё имя или прозвище заканчивалось на мягкий согласный или гласный. В отличие от фамилий на -ов/-ев (от основ на твёрдый согласный), здесь мы видим именно такую модель.

География фамилии Ананишина сегодня не привязана к какому-то одному региону — она встречается в разных областях России, но чаще в центральных и южных районах, где имя Ананий было популярно. В некоторых говорах форма Ананиша могла закрепиться как самостоятельное имя, а не только как производное от Анания. Встречаются и варианты написания: Ананищенко (украинская модель), Ананьин (от полной формы имени), но Ананишин — именно севернорусский и среднерусский тип фамилии.

Интересно, что в дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия Ананишин могла записываться и через «о» — Анонишин, под влиянием акающего произношения. Это типичная для русских фамилий ситуация, когда народное произношение закреплялось в документах, и сейчас у носителей может быть расхождение в написании. Если ваш предок — Ананишин, то, скорее всего, он происходил из крестьянской или мещанской среды, где имя Ананий было обычным, а фамилия закрепилась в XIX веке при массовом оформлении паспортов.