Фамилия Ананишнова — женская форма от Ананишнов, а та, в свою очередь, образована от имени или прозвища Ананиш. Вместо того чтобы сразу переходить к корню, начнём с самого редкого и ценного — суффикса. В русских фамилиях суффикс -ш- встречается куда реже привычных -ов, -ев или -ин. Формы вроде Ананиш, Тимош, Демеш — это не случайность, а примета северных и центральных говоров, где имя не просто сокращали, а «обкатывали» до короткого бытового прозвища. Такие прозвища бытовали внутри семьи или двора, а потом закреплялись за детьми как фамилия. То есть предка звали не «Ананий Иванов сын», а попросту Ананиш, и это прозвище перешло к потомкам уже как наследственная фамилия.

Исходное имя — Ананий, древнееврейского происхождения, означающее «благодать Божья» или «Бог милостив». В православных святцах оно известно, но в крестьянской среде имя часто переделывали на свой лад, добавляя уменьшительно-ласкательные суффиксы. Так Ананий превращался в Ананиша. Это не официальное крестильное имя, а народная, «бытовая» форма — именно такие и дают начало редким фамилиям.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Костромской областям — регионам, где долго сохранялся архаичный уклад и нецерковные имена бытовали вплоть до XIX века. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальный, «гнездовой» характер. Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными или монастырскими крестьянами, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано.

Есть и альтернативная версия: в некоторых говорах «ананиш» могли называть нерасторопного, медлительного человека. Но эта гипотеза слабая, и её можно отмести одной фразой: подавляющее большинство русских фамилий на -ш- образовано именно от сокращённых форм крестильных имён, а не от прозвищ по характеру. Поэтому основная и надёжная версия — от имени Ананий через форму Ананиш.