Фамилия Андрафагин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычных для русских фамилий суффиксов -ов, -ев или -ин, но есть окончание -ин, которое указывает на принадлежность: «чей?» — Андрафагин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Андрафага. Основа фамилии — Андрафаг — звучит не по-русски, и это главная загадка.

Вероятнее всего, корень фамилии связан с греческим языком. «Андрафаг» (или «антропофаг») в переводе с греческого означает «людоед». В Древней Греции слово «антропофаг» (anthrōpophagos) было известно, но в русский язык оно попало через церковнославянские тексты, где использовалось для обозначения диких, нецивилизованных племён. Однако вряд ли предка так назвали за буквальное людоедство. Скорее, это было прозвище-характеристика: так могли окрестить человека с необычайно острым языком, «пожирающего» окружающих спорами, или же того, кто славился суровым, «хищным» нравом. В русской традиции такие прозвища не редкость: вспомним фамилии Грызлов, Кусакин или Едловский — они тоже связаны с едой и агрессией, но в переносном смысле.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия сформировалась в северных и центральных регионах России, где была распространена эта модель (в отличие от южнорусских -ов/-ев). Носители фамилии, скорее всего, происходили из среды духовенства или посадских людей. Священники и монахи часто получали фамилии, образованные от книжных, греческих слов, — это было способом подчеркнуть образованность и оторванность от «мирской» жизни. В семинариях могли дать фамилию Андрафагин, переосмыслив греческое слово как символ борьбы с грехами: «пожиратель страстей». Вторая, более прозаичная версия — что прозвище дали в крестьянской среде за необычное поведение, но тогда оно скорее звучало бы как Андрафагов.

Стоит отметить, что фамилия Андрафагин — не единственная в своём роде. В ономастических словарях встречаются похожие: Андрафанов, Андрафонов (от греческого имени Андрофан — «являющий мужество»), а также Антропов (от имени Антроп). Однако Андрафагин стоит особняком: если это не искажённая форма от Андрофанов (что маловероятно из-за разницы в суффиксах), то перед нами редчайший случай, когда в основе лежит напрямую греческое нарицательное слово, а не имя. География бытования фамилии сегодня практически не изучена, но по косвенным данным (похожие фамилии в архивах) можно предположить, что её носители жили в Вологодской или Пермской губерниях — там, где сохранялись старые книжные традиции.