Фамилия Аннушкин — редкий случай метронимической фамилии, то есть образованной не от имени отца, а от имени матери. В основе лежит народная форма крестильного имени Анна — Аннушка. Имя Анна пришло на Русь с христианством из древнееврейского языка, где означало «миловидная» и «грациозная». Если в семье женщину звали Аннушкой, её детей в документах могли записать как «Аннушкин сын» или «Аннушкина дочь» — отсюда пошла фамилия.

Обычно метронимические фамилии возникали в двух случаях: либо мать была вдовой и воспитывала детей одна, либо она играла в хозяйстве ключевую роль. Иногда такую фамилию давали внебрачному ребёнку, чтобы не указывать отца. Для фамилии Аннушкин возможен и третий вариант: прозвище Аннушка мог получить мужчина — например, нежный или заботливый муж, которого в шутку называли женским именем.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Аннушкин буквально значит «относящийся к Аннушке». Такая модель образования типична для русских фамилий, но на фоне патронимических (Иванов, Петров) метронимические вроде Аннушкина, Марьина или Татьянина встречаются намного реже. Географически фамилия Аннушкин преимущественно встречается в центральных и южных регионах России, хотя точных статистических данных по распространению нет.

В написании фамилии возможна путаница: вариант Аннушкин (с двумя «н») — нормативный, но в старых метрических книгах иногда писали Анушкин, пропуская одну букву. Ошибка возникла из-за того, что в разговорной речи имя Аннушка произносили бегло, почти как «Анушка». Однако этимологически верное написание сохраняет двойное «н» от корня имени.