Фамилия Аноева — женская форма фамилии Аноев, поэтому её происхождение проще понять через мужской вариант. В основе лежит имя или прозвище Аной. Скорее всего, это сокращённая форма от полного календарного имени Ананий (древнееврейское «благодать Божия»). В бытовой речи Анания могли называть Ананей или Анохой, а от последнего легко могла возникнуть форма Аной. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «Аноев» означало «сын Аноя» или «человек из рода Аноя».

Существует и менее вероятная версия, связывающая фамилию с тюркскими корнями: в некоторых тюркских языках «ана» значит «мать», а «ой» — «месяц» или «луна». Но такая этимология для русской фамилии маловероятна: суффикс -ев типичен именно для славянской модели образования, а не для тюркской, где чаще встречаются окончания -лы, -улы или -оглы. Поэтому версия с именем Ананий остаётся основной.

Фамилия Аноев встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, она возникла в среде крестьян или посадских людей центральной России, где были распространены сокращённые формы церковных имён. В документах XVII–XVIII веков можно было найти запись «Ананьин сын», но со временем фамилия закрепилась в форме Аноев. Женская форма Аноева, соответственно, появилась как естественное производное при фиксации фамилий в метрических книгах.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Аноев стоит в одном ряду с Ананьевым, Анохиным и Аносовым. Все они образованы от разных вариантов одного имени Ананий: Ананья, Аноха, Анос. Аноев — самый редкий из этого ряда, что делает его своеобразным маркером конкретной ветви рода, не распавшейся на множество ответвлений.