Фамилия Антипенко — типичный образец украинской модели фамилий, образованных с помощью патронимического суффикса -енко. Он указывает на происхождение от отца: Антипенко буквально означает «сын Антипа». Корень фамилии — крестильное имя Антип, которое носил раннехристианский святой, ученик апостола Иоанна Богослова. В церковной традиции имя известно в формах Антипа и Антипий. Греческое происхождение имени даёт две версии перевода: «отчим» и «противник всего». Священномученик Антипа, епископ Пергамский, пострадал при императоре Нероне, и его культ был широко распространён на Руси, что обеспечило популярность имени в народе.

Суффикс -енко, с помощью которого образована фамилия, — один из самых частых в украинской ономастике. Первоначально он имел значение «маленький» или «сын», но со временем закрепился как наследственный фамильный показатель. Именно по этому суффиксу фамилию Антипенко безошибочно относят к украинским, хотя носители встречаются далеко за пределами Украины.

Документы XX века фиксируют фамилию в разных регионах. Например, в Книге памяти Магаданской области записан Антипенко Александр Андреевич 1903 года рождения, а в материалах Томской области — Антипенко Александр Антонович 1916 года рождения, проживавший в Новосибирской области. Эти записи показывают, как украинская по происхождению фамилия распространилась по Сибири и Дальнему Востоку в результате переселений и репрессий советского времени.

Среди других фамилий, образованных от того же имени, — Антипов, Антипин, Антипьев. Антипенко отличается от них именно украинским суффиксом, тогда как Антипов и Антипин — типично русские формы.