Фамилия Антипин образована по самой распространённой в русской ономастике модели: к основе — имени или прозвищу — добавлялся суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). В данном случае основа — имя Антип. Это не мирское прозвище, а полноправное крестильное имя, которое носил святой Антипа Пергамский, один из семидесяти апостолов. Имя имеет греческое происхождение: anti-pater, то есть «вместо отца», что в буквальном переводе иногда передают как «отчим».

В народной этимологии имя Антип легко связывали с нечистой силой — из-за созвучия со словом «антип» в значении «противник, черт». Отсюда пошла шутливая поговорка: «Антип — отчасти чертик». Поэтому фамилии Антипов и Антипин в крестьянской среде могли восприниматься двусмысленно: с одной стороны, как память о святом, с другой — как намёк на строптивый или упрямый характер родоначальника.

Разница между Антиповым и Антипиным чисто грамматическая: суффикс -ов присоединялся к основам на твёрдый согласный (Антип → Антипов), а -ин — к основам на -а, -я или мягкий согласный. Но имя Антип — твёрдое, так что форма Антипин возникла, скорее всего, из диалектного произношения: в некоторых говорах имя звучало как Антипа (по типу Никита, Фома), и от этой формы закономерно пошёл суффикс -ин. То есть предка нынешних Антипиных могли звать не Антип, а Антипа.

Фамилия встречается по всей России, но заметно чаще — в северных и вологодских землях, а также в Сибири, куда её принесли переселенцы. В документах XVII века упоминаются крестьяне Антипины из Тотьмы и Устюга Великого. Среди дворянских родов эта фамилия не числится — она оставалась почти исключительно крестьянской и мещанской, что подтверждает её происхождение от простого календарного имени, без прибавки прозвища или указания на занятие.