Фамилия Антоне — редкий для России случай, когда фамилия образована не от полной формы имени, а напрямую от его краткой или разговорной основы. В основе лежит крестильное имя Антон (от римского родового имени Antonius), но в отличие от массовых Антоновых, Антоновых и Антоненко, здесь сработала модель, характерная для западнославянских и южнославянских языков: отсечение типичного русского суффикса -ов/-ев и сохранение чистой основы с окончанием -е.

Суффикса -е в русском языке как фамильного показателя нет. Такое окончание указывает на то, что фамилия могла быть записана в польской, украинской или белорусской традиции, где -е часто выступает как усеченная форма притяжательного прилагательного или как результат адаптации иноязычного написания. Например, в польском языке фамилии типа Antone встречаются как вариант от Antoni, где ударение падает на второй слог, а на конце звучит мягкое [э]. В белорусской ономастике тоже есть случаи, когда фамилии на -е фиксировались при переписи как упрощенная запись от имени с отсечением суффикса.

Есть и более прозаическая, но правдоподобная версия: фамилия Антоне могла возникнуть из-за ошибки писаря или особенностей местного говора. В южнорусских и украинских диалектах окончание -е иногда заменяло -ов в безударной позиции, особенно если носитель был записан «на слух» — Антоне вместо Антонов. Такое нередко случалось при переселении крестьян в XIX веке, когда документы оформляли второпях.

Версия с прозвищем маловероятна: прозвище «Антоне» не имеет самостоятельного значения вне имени. Фамилия однозначно восходит к личному имени, а её редкость говорит о том, что носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы — возможно, из западных губерний Российской империи или из Польши, где фамилия могла быть записана в латинской транскрипции как Antone и позже русифицирована.