Фамилия Антоненко — один из ярких примеров украинской модели образования фамилий с помощью патронимического суффикса -енко. Эта модель, особенно распространённая в Левобережной Украине (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина), буквально означает «маленький» или «сын» того, кто назван в корне. Так что Антоненко — это «сын Антона». В отличие от русских фамилий на -ов (-ев), которые указывали на принадлежность («чей?»), украинские фамилии на -енко подчёркивали прямое родство («чей сын?»).

В основе фамилии лежит крестильное имя Антон, сокращённая форма от канонического Антоний. Само имя Антоний имеет древнеримское происхождение: это родовое имя (nomen gentile) Antonius. Его этимологию обычно связывают с греческим глаголом anteo — «вступать в бой, состязаться». Таким образом, через цепочку поколений фамилия Антоненко восходит к значению «потомок того, кто вступает в бой».

На территории современной России фамилия встречается реже, чем на Украине, но закрепилась в южных и центральных регионах, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне и казаки. В официальных документах Российской империи такие фамилии нередко русифицировали, заменяя суффикс -енко на -енков, но в быту сохранялась исходная форма. Если ваш предок носил фамилию Антоненко, он, скорее всего, происходил из украинской среды — из крестьян, мещан или казаков, где патронимическая модель была основной.