Фамилия Ануфьев — один из тех случаев, где народная речь перекроила церковное имя, а результат закрепился в паспорте. В основе лежит крестильное имя Онуфрий, которое пришло из греческого «Онуфриос» — «святой», «благочестивый». В русском быту начальное «О» нередко переходило в «А»: так Онуфрий становился Ануфрием. От этого просторечного варианта и пошла фамилия с типичным патронимическим суффиксом -ев, указывающим на принадлежность: «чей?» — Ануфьев, то есть сын или потомок Ануфрия.

В старых документах встречается написание «Онуфьев» — это более архаичная форма, сохранившая исходное «О». Со временем произношение победило написание, и вариант с «А» закрепился в большинстве родов. Рядом существует фамилия Ануфриев: она образована от той же основы, но с другим суффиксальным оформлением. Разница в суффиксах (-ев и -иев) говорит о разной региональной или сословной традиции записи: в некоторых местностях полное имя Ануфрий давало форму на -иев, а в других — сокращённое Ануф на -ев.

Географически фамилия Ануфьев распространена в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. Там имя Онуфрий было в ходу среди крестьян и духовенства. В среде священнослужителей имя встречалось чаще, так как Онуфрий Великий — почитаемый христианский святой. Поэтому среди предков Ануфьевых могли быть и сельские священники, и монахи, но основная масса — крестьяне, получившие фамилию по имени отца.

В этимологических словарях, например у Б. Унбегауна, фамилию относят к группе «полуимен» — когда полное имя сокращалось в быту, а потом закреплялось в фамилии. Споров о происхождении почти нет: версия с именем Онуфрий — единственная и надёжная. Редкие попытки связать её с тюркскими корнями (например, от «ануф» — «верный») лишены исторических оснований и не подтверждаются документами.