Фамилия Апанель — редкая, с неочевидным корнем и нестандартной для русского языка словообразовательной моделью. Сразу обращает на себя внимание суффикс -ель. В русских фамилиях он встречается редко, обычно в прозвищных образованиях вроде Свиристель или Кудель. Это значит, что фамилия закрепилась в форме, близкой к исходному прозвищу, без типичных патронимических суффиксов -ов/-ев или -ин.

Самая прямая и правдоподобная версия — от слова «апанаж» (фр. apanage). В истории так называли земельное владение или содержание, которое выделяли младшим членам королевской семьи во Франции. В русском языке слово закрепилось как «апанаж» или «апанеж» и могло стать прозвищем для управляющего таким наделом, чиновника при дворе или человека, которого в шутку называли «князьком на содержании». Фамилия Апанель тогда — русифицированная форма прозвища Апанаж/Апанеж, где конечное -ж заменилось на более мягкое -ль. Это типичный случай адаптации иноязычного слова: звук, непривычный для русского уха, заменяли на близкий по мягкости.

Вторая версия, слабая, но иногда всплывающая для южных регионов, — связь с тюркским или кавказским корнем. В некоторых тюркских языках есть слово «апан» (старший, предок) или похожие звучания. Однако суффикс -ель для тюркских фамилий нетипичен, поэтому эта гипотеза не выдерживает критики.

География фамилии крайне узкая. По данным современных справочников, Апанель встречается единично, в основном на юге России и в некоторых областях Украины. Это наводит на мысль, что фамилия могла возникнуть в среде обрусевших иностранцев (французов, голландцев) или у выходцев из Прибалтики, где встречаются фамилии с похожей структурой, например, Appenahl. В немецком языке -ahl нередко восходит к названиям поселений или к слову «Aal» (угорь), но для русской почвы это уже вторичное заимствование.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: она не вписывается в массовые модели русских фамилий. Нет ни суффикса принадлежности, ни типичного окончания. Это говорит о том, что носитель фамилии, скорее всего, был человеком не из крестьянской среды (где фамилии образовывали через -ов/-ин), а из числа служилых людей, духовенства или иностранцев, получивших фамилию в уже готовом виде, без переделки на русский лад. Так что Апанель — скорее всего, след европейского влияния, переосмысленный на русской почве.